|
|
S3. Анализ сложных биологических систем. Эксперимент и модели
Симпозиум с международным участием «Биофизика сложных систем.
Вычислительная и системная биология. Молекулярное моделирование»
Программа заседаний
24 января 2023 года, вторник
9.00 Заседание 1
Секция W2 Молекулярное моделирование Ведущие: Илья Борисович Коваленко, Мария Григорьевна Хренова, Алексей Константинович Шайтан
- 9.00–9.15 Брыксин Кирилл Александрович Анализ взаимодействия аминокислот из состава изолята сывороточного белка и гиалуроновой кислоты (Брыксин К.А., Пластун И.Л., Гринев В.С., Майорова О.А.)
- 9.15–9.30 Булавко Егор Сергеевич (Москва, Сколковский институт науки и технологий, Центр наук о жизни) Изучение механизма ингибирования ДНК-связывающего домена белка PARP-1 солями урана методами молекулярного моделирования (Булавко Е.С., Иванков Д.Н.)
- 9.30–9.45 Князева Анастасия Сергеевна (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет, Кафедра биоинженерии) Исследование пластичности димера гистонов Н2А-Н2В методом молекулярной динамики (Князева А.С.,Армеев Г.А.,Шайтан А.К.)
- 9.45–10.00 Зубова Елена Александровна (Москва, ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ ИМ. Н.Н. СЕМЕНОВА РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК, отдел полимеров и композиционных материалов) C-A тест для силовых полей ДНК (Стрельников И.А., Ковалева Н.А., Клинов А.П., Зубова Е.А.)
- 10.00–10.15 Костюк Клим (Moscow, Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences) Влияние холестерина на “мозаичность” поверхности липидного бислоя (Костюк К.А., Ефремов Р.Г.)
- 10.15–10.30 Худобин Роман (Moscow, Semenv Institute of Chemical Physics) Анализ локальной подвижности полиимидов (Худобин Р.В., Мазо М.А., Балабаев Н.К.)
- 10.30–10.45 Жулидин Павел Андреевич (Саратов, Саратовский государственный технический университет, Кафедра "Информационная безопасность автоматизированных систем"
Математическое моделирование и комплексы программ.) Исследование свойств модифицированного глицина в воде (Жулидин П.А., Филин П.Д., Пластун И.Л., Яковлев Р.Ю.)
- 10.45–11.00 Широносов Валентин Георгиевич (Ижевск, Научно-исследовательский центр "ИКАР") Проблемы современной биомедфизики, моделирования и пути их решения (Широносов В.Г.)
15.00 Заседание 2
Секция W1 Вычислительная и системная биология. Экологическое моделирование
Приглашённые доклады
Устные доклады
- 16.00–16.15 Потапова Татьяна Васильевна (г. Москва, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского, отдел математических методов в биологии) Супермодель для изучения локальных электрических полей — верхушка гифы Neurospora crassa (Потапова Т.В.)
- 16.15–16.30 Беляева Наталья Евгеньевна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Модельный анализ сигналов длительной индукции флуоресценции монокультур микроводорослей и цианобактерий с целью фенотипирования образцов (Беляева Н.Е., Булычев А.А., Клементьев К.Е., Пащенко В.З., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.)
- 16.30–16.45 Червицов Роман Николаевич (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики) Изучение влияния ионов тяжелых металлов на клетки Chlorella vulgaris помощью классификатора «Случайный лес» (Червицов Р.Н., Плюснина Т.Ю., Хрущёв С.С., Тодоренко Д.А.)
- 16.45–17.00 Цхай Александр Андреевич (Барнаул, Институт водных и экологических проблем СО РАН, лаборатория гидрологии и геоинформатики, доктор технических наук, профессор) Модель эвтрофирования Новосибирского водохранилища (Цхай А.А., Агейков В.Ю.)
- 17.00–17.15 Ермаченко Павел Андреевич (Алматы, ТОО Нео-Эколоджи) Цифровая модель водной экосистемы био-прудов доочистки сточных вод (Ермаченко П.А., Середин Д.С., Беляева Н.Е.)
17.15–17.30 Перерыв
Стендовые доклады
- 17.30–17.35 Хрущёв Сергей Сергеевич (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Дискретная по пространству и времени агентная модель фотосинтетического электронного транспорта (Хрущев С.С., Плюснина Т.Ю., Маслаков А.С., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.)
- 17.35–17.40 Хрущёв Сергей Сергеевич (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Анализ переходных процессов в модели фотосистемы 2 (Хрущев С.С., Плюснина Т.Ю., Ризниченко Г.Ю., Рубин А.Б.)
- 17.40–17.45 Яковлева Ольга Валентиновна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Cектор экзобиологии) Использование замедленной флуоресценции хлорофилла для биотестирования загрязнений (Маторин Д.Н., Яковлева О.В., Тодоренко Д.А., Маторин Н.А., Алексеев А.А.)
- 17.45–17.50 Nasibova Aygun Namiq (Baku, Institute of Radiation Problems, National Academy of Sciences of Azerbaijan, S3) Влияние гамма радиации на виноградные улитки (Helix pomatia) ( Халилов Р.И., Насибова А.Н., Фридунбеков И.Ю., Байрамов М.А.)
- 17.50–17.55 Краснобаева Лариса Александровна (Томск, Томский государственный университет, Томский гос. Ун-т , Физический ф-т кафедра теоретической физики) Размерная и обезразмеренная модели однородной ДНК (Якушевич Л.В., Краснобаева Л.А.)
- 17.55–18.00 Глытов Иван Владимирович (Пущино, Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Лаборатория системной организации нейронов) Особенности распределения пространственной частоты изменения электростатического потенциала вокруг геномной ДНК бактериофага T7 в области промоторов, специфичных для нативной фаговой и хозяйской РНК полимеразы E.coli (Глытов И.В., Осипов А.А.)
- 18.00–18.05 Корчагина Вера Михайловна (Пущино, Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Лаборатория системной организации нейронов) Зависимость силы мутантных промоторов гена rrnB рибосомальной РНК E.coli от параметров электростатического up-элемента (Корчагина В.М., Осипов А.А.)
- 18.05–18.10 Мустафин Халид Сабирович (Долгопрудный, МОСКОВСКИЙ ФИЗИКО-ТЕХНИЧЕСКИЙ ИНСТИТУТ (ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ), Факультет общей и прикладной физики (кафедра биофизики)) Уточнение структуры неупорядоченного компонента раствора белковых кристаллов с использованием моделей машинного обучения (Мустафин Х.С., Гущин И.Ю.)
25 января 2023 года, среда
9.00 Заседание 3
Секция W2 Молекулярное моделирование Ведущие: Илья Борисович Коваленко, Мария Григорьевна Хренова, Алексей Константинович Шайтан
- 9.00–9.15 Кривицкая Александра Вячеславовна (Москва, Федеральный исследовательский центр "Фундаментальные основы биотехнологии" Российской академии наук, Институт Биохимии им А.Н. Баха) Механизм реакции ингибирования пенициллин-связывающих белков цефтриаксоном (Кривицкая А.В., Хренова М.Г.)
- 9.15–9.30 Мулашкина Татьяна Игоревна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Химический ф-т, Кафедра физической химии, Лаборатория квантовой химии и молекулярного моделирования) Влияние заместителей уходящей группы на гидролиз фосфорорганических соединений в активном центре фосфотриэстеразы из Pseudomonas diminuta (Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г.)
- 9.30–9.45 Кулакова Анна Михайловна (Москва, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, кафедра физической химии) Диссоциативный и ассоциативный механизм разрыва Р-О связи нуклеозидфосфатов ферментами: определение типа реакции методами молекулярного моделирования (Кулакова А.М., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.)
- 9.45–10.00 Поляков Игорь Вадимович (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Химический ф-т, кафедра физической химии) Квантовохимическое моделирование фотореакции гидратации хромофора флуоресцентного белка Dreiklang (Поляков И.В., Григоренко Б.Л., Немухин А.В.)
- 10.00–10.15 Наумов Анатолий Анатольевич (Саратов, Саратовский государственный технический университет) Анализ механизмов взаимодействия красителя цианин 7 с аминокислотами в белковых структурах (Наумов А.А., Пластун И.Л., )
- 10.15–10.30 Пьянкина Екатерина Алексеевна (Москва, МИРЭА - Российский Технологический Университет, ИТХТ) Корреляция противовирусной активности 1,2,4,-триазолсодержащих лигандов с их связыванием в аллостерических центрах ACE2, выявленная методом молекулярного докинга (Пьянкина Е.А., Олейник Е.С., Гребенкина Л.Е., Матвеев А.В.)
- 10.30–10.45 Левченко Ирина Николаевна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Физический ф-т, каф. биофизики) Математическое моделирование квантовых выходов активированной кумаринами С-334 и С-525 хемилюминесценции под действием комплекса цитохрома С с кардиолипином (Левченко И.Н., Владимиров Г.К., Володяев И.В., Тимофеев В.И.)
15.00 Заседание 4
Секция W3 Медицинская и радиационная биофизика
Приглашённый доклад
- 15.00–15.30 Крупянский Юрий Федорович (Москва, ИНСТИТУТ ХИМИЧЕСКОЙ ФИЗИКИ ИМ. Н.Н.СЕМЕНОВА РАН, Отдел строения вещества) Конденсация ДНК в бактериях (Крупянский Ю.Ф., Генералова А.А.,, Коваленко В.В., Лойко Н.Г., Терешкин Э.В., Моисеенко А.В., Терешкина К.Б., Соколова О.С., .Попов А.Н.)
Устные доклады
- 15.30–15.45 Munkhbaatar Batmunkh (Dubna, Joint Institute for Nuclear Research, Laboratory of Radiation Biology) Количественная оценка повреждающего действия космических лучей на клеточные и субклеточные структуры мозга (Батмунх М.; Бугай А.Н.; Баярчимэг Л.; Лхагва О.)
- 15.45–16.00 Глебов Артем Александрович (Дубна, ОИЯИ, Лаборатория Радиационной Биологии, сектор математического моделирования радиационно-индуцированных эффектов) Анализ параметров пролиферации в модели нарушения нейрогенеза у взрослых мышей C57BL/6J после облучения рентгеновскими лучами (Глебов А.А., Колесникова Е.А., Бугай А.Н.)
- 15.45–16.00 Васильева Мария Александровна (Дубна, Объединенный институт ядерных исследований, Лаборатория радиационной биологии) Математическая модель радиационно-индуцированных повреждений ДНК (Васильева М.А., Бугай А.Н., Душанов Э.Б.)
- 16.15–16.30 Пилинская Дарья Леонидовна (Университет "Дубна", Факультет естественных и инженерных наук, медицинская радиобиология) Кинетика репарации двунитевых разрывов ДНК при воздействии фотонного излучения (Пилинская Д.Л., Душанов Э.Б., Батова А.С., Насонова Е.А., Бугай А.Н.)
- 16.30–16.45 Батова Анна Сергеевна (Дубна, ОБЪЕДИНЕННЫЙ ИНСТИТУТ ЯДЕРНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ, Лаборатория Радиационной Биологии) Влияние коллективного потенциала на нелинейную динамику микротрубочек (Батова А.С., Бугай А.Н., Ранкович Д, Сивчевич В, Здравкович С.)
16.45–17.00 Перерыв
- 17.00–17.15 Гриневич Андрей Анатольевич (Пущино, Институт биофизики клетки Российской академии наук – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук», Лаборатория клеточной нейробиологии) Математическое моделирование низкочастотных колебаний в сердечно-сосудистой системе человека (Гриневич А.А.)
- 17.15–17.30 Салихова Татьяна (Москва, ФГБУ НМИЦ гематологии МЗ РФ) Математическое моделирование гидродинамической активации тромбоцитов в персонализированных артериовенозных фистулах для гемодиализа (Салихова Т.Ю., Пушин Д.М., Нестеренко И.В., Бирюкова Л.С., Гурия Г.Т.)
- 17.30–17.45 Киселева Диана Геннадьевна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т, каф. биофизики, Сектор информатики и биофизики сложных систем) Анализ клинических данных по восстановлению сердечной деятельности пациентов, перенесших аортокоронарное шунтирование (Киселева Д.Г., Плюснина Т.Ю., Лищук А.Н.)
- 17.45–18.00 Чистякова Юлия Алексеевна (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Биологический ф-т) Моделирование углеводно-липидного обмена адипоцита в условиях различных режимов питания (Чистякова Ю.А., Плюснина Т.Ю.)
- 18.00–18.15 Орлов Юрий Львович (Москва, Первый МГМУ им. И.М.Сеченова, Институт цифровой медицины) Компьютерная реконструкция генной сети болезни Паркинсона (Туркина В.А., Вишнякова Е.В., Орунбаева А.А., Соболева Л.П., Бурмистров Н.Д., Крючкова К.Ю., Голубева Е.А., Белова О.В., Орлов Ю.Л.)
Стендовые доклады
- 18.30–18.35 Туркина Василиса Алексеевна (Москва, Первый МГМУ им. И.М.Сеченова, Институт цифровой медицины) Компьютерное исследование ассоциаций заболеваний как обобщение генных сетей на примере опухолей мозга (Орлов Ю.Л., Красильникова А.А., Булгакова А.В., Майорова А.А., Соколова А.В., Варакина Э.С., Туркина В.А.)
- 18.35–18.40 Болдова Анна Евгеньевна (Москва, Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии) Компьютерное моделирование работы рецептора 3 типа к инозитол-3-фосфату (IP3R3) (Болдова А.Е., Василевская В.Д., Свешникова А.Н.)
- 18.40–18.45 Коробкина Юлия Джессика Дмитриевна (Москва, Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН) Модель формирования ламеллиподий тромбоцитов (Коробкина Ю.Д., Свешникова А.Н.)
26 января 2023 года, четверг
9.00 Заседание 5
Секция W2 Молекулярное моделирование Ведущие: Илья Борисович Коваленко, Мария Григорьевна Хренова, Алексей Константинович Шайтан
- 9.00–9.15 Аксенова Светлана (Дубна, ОИЯИ) Влияние оксидативного стресса на конформации глутаматных рецепторов (Аксёнова С.В., Батова А.С., Бугай А.Н., Душанов Э.Б.)
- 9.15–9.30 Кузьмин Александр (Moscow, Moscow Institute of Physics and Technology (State University)) Структура и динамика белка Е оболочки коронавируса SARS-CoV-2 (Кузьмин А.С., Гущин И.Ю.)
- 9.30–9.45 Холина Екатерина Георгиевна (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Идентификация сайтов связывания катионных фотосенсибилизаторов на вирусной оболочке методом броуновской динамики (Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б., Страховская М.Г., Рубин А.Б.)
- 9.45–10.00 Фёдоров Владимир Андреевич (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Роль гидрофобных взаимодействий в процессе формирования комплекса белков пластоцианина и цитохрома с6 с цитохромом f в цианобактериях и зеленых водорослях (Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б.)
- 10.00–10.15 Абатурова Анна Михайловна (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Влияние расстояния между мембранами кристы митохондрии на скорость образования предварительного комплекса цитохрома С и димера III дыхательного комплекса в модели броуновской динамики (Абатурова А.М., Ризниченко Г.Ю.)
10.15–11.00 Стендовые доклады
- Одинцов Константин Викторович (Москва, МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ИМ. М.В.ЛОМОНОСОВА, Химический ф-т, кафедра физической химии, лаборатория квантовой химии и молекулярного моделирования) Моделирование реакций присоединения кислорода во флавин-зависимых монооксигеназах методами квантовой химии (Одинцов К.В., Григоренко Б.Л., Домрачева Т.М.)
- Степанюк Роман Алексеевич (Москва, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Химический факультет, Кафедра физической химии, НИЛ квантовой химии и молекулярного моделирования) Молекулярный механизм превращения аденозинтрифосфата (ATP) в циклический аденозинмонофосфат (сAMP) в активном центре аденилатциклазы (Степанюк Р.А., Мулашкина Т.И., Хренова М.Г.)
- Курышкина Мария Сергеевна (Москва, МГУ им.М.В.Ломоносова, , Химический факультет) Сравнение фотоактивируемых аденилатциклаз из Beggiatoa и Oscillatoria acuminata (Курышкина М.С., Кулакова А.М., Немухин А.В.)
- Шаряфетдинова Александра Сергеевна (Москва, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова,, Группа интегративной биологии на кафедре Биоинженерии Биологического факультета ) Изучение посттрансляционных модификаций гистонов методом молекулярного моделирования (Шаряфетдинова А.С, Армеев Г.А., Князева А.С.)
- Васильев Вениамин Андреевич Разработка программной библиотеки для расчета геометрических параметров ДНК на языке Pyhton (Васильев В.А., Армеев Г.А.)
- Фёдоров Владимир Андреевич (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Исследование влияния таксола на конформационную подвижность белка тубулина методами молекулярной динамики (Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б.)
- Ma Xiaochen (Shenzhen, Shenzhen MSU-BIT University, School of Biology) Docking and machine learning approaches for the annlysis of hcv ns5b small molecule binders (Ма X., Боздаганян М.)
- Yanq Anqi (Shenzhen, Shenzhen MSU-BIT University) Prediction of skin permeability coefficient by means of coarse grained molecular dynamics simulations (Yang A., Bozdaganyan M.)
27 января 2023 года, пятница
14.00 Заседание 6
Секция W4 Моделирование, визуализация и анализ данных в исследовании когнитивных систем
- 14.00–14.05 Браже Алексей Рудольфович (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет) Открытие секции «Моделирование, визуализация и анализ данных в исследовании когнитивных систем»
- 14.05–14.30 Вейзе Дмитрий Львович (Будапешт, Международное Общество Междисциплинарного Изучения Симметрии, Международное Консультативное Правление) Периодические структуры на паттернах филлотаксиса (Вейзе Д.Л.)
- 14.35–15.00 Мысин Иван Евгеньевич (Пущино, ИНСТИТУТ ТЕОРЕТИЧЕСКОЙ И ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ БИОФИЗИКИ РАН, Лаборатория системной организации нейронов) Cмена парадигмы в походе к моделированию мозга (Мысин И.Е.)
- 15.00–15.25 Осипов Александр Александрович (Пущино, Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Лаборатория системной организации нейронов) Биоинформатика, нейробиология нового поколения и искусственный интеллект (Осипов А.А.)
- 15.25–15.40 Кирсанов Артем (Moscow, Biological faculty of Lomonosov Moscow State University, Biophysics) Эффект норадреналина на астроцитарную кальцевую динамику в модели нейрон-глиальных взаимодействий (Кирсанов А.В., Вервейко Д.В., Верисокин А.Ю., Браже А.Р., Постнов Д.Э.)
- 15.40–15.55 Лагоша Станислав Витальевич (Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Биологический факультет, кафедра биофизики) Моделирование влияния обратного захвата внесинаптического ГАМК на генерацию гиппокампального тета-ритма (Лагоша С.В., Кирсанов А.В., Браже А.Р.)
- 15.55–16.10 Лукин Павел Олегович (Курск, Курский государственный университет) Управление нейро-астроцитарной активностью в модели комплексного взаимодействия нейроглиотрансмиттеров и норадреналина (Лукин П.О., Верисокин А.Ю., Вервейко Д.В., Браже А.Р., Постнов Д.Э.)
- 16.10–16.15 Коденко Мария Романовна (Москва, МГТУ им.Н.Э.Баумана) Анализ высокоплотностного компонента содержимого брюшной аорты при КТ-ангиографии (Коденко М.Р., Кульберг Н.С., Самородов А.В.)
- 16.15–16.30 Галкин Александр Сергеевич (Associate Professor in Neuroscience, Weill Cornell Medicine, Feil Family Brain and Mind Research Institute, New York, USA) Quantitative analysis of metabolic profiling of brain sections with MALDI MS Imaging – open questions
- 16.25–17.00 Свободная дискуссия по методам моделирования, визуализации и анализа данных в анализе сложных систем
|
