|
ДокладыОценка константы скорости реакции изомеризации дипептида аланина кинетическим методом Монте-КарлоГосударственный университет , Россия, 141980, Московская обл., г. Дубна, ул. Университетская, д. 19, svpoluyan@gmail.com 1Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Россия, 119991, г. Москва, ул. Ленинские горы, д. 1, ershovnm@gmail.com В настоящей работе рассматривается процесс изомеризации дипептида аланина (англ. alanine dipeptide) - белковой молекулы, которая часто рассматривается в качестве модельной задачи для исследования динамики цис-транс изомеризации. Структура пептида состоит из одного остатка аланина с модифицированными концами и может быть обозначена как Ac-Ala-NHMe. Необходимо отметить, что название "дипептид аланина" в русскоязычной нотации можно интерпретировать как пептид, состоящий из двух остатков аланина. Однако, поскольку название сформировано исторически и используется в том числе русскоязычными авторами, далее под дипептидом аланина (ДА) будет подразумеваться структура, представленная формулой выше. Структура ДА обладает несколькими степенями свободы, основные из которых - торсионные углы. Используя углы, возможно сформировать поверхность потенциальной энергии и рассмотреть седловые точки, которые соответствуют переходным состояниям, а также локальные минимумы, два из которых соответствуют конечным состояниям (цис-транс). В исследовании рассматривается математическая модель, связывающая все наблюдаемые локальные состояния. В указанную модель входят коэффициенты - константы скорости реакции, численно описывающие скорость процесса изомеризации. Целью настоящего исследования является применение кинетического метода Монте-Карло (КММК) для оценки константы скорости. Предметом исследования является КММК и его основные этапы: формирование различных траекторий изомеризации и принципы вычисления константы скорости. Объектом исследования является процесс цис-транс изомеризации ДА. Исследование принципов работы КММК при использовании силового поля Rosetta позволяет в дальнейшем рассмотреть применение КММК для актуальных задач: оценки констант скорости ассоциации белок-белок и белок-ДНК комплексов.
Материалы доклада |
