|
ДокладыОбразовательные аспекты компьютерной реконструкции генных сетей на основе онлайн-инструментов биоинформатикиИнститут Цифровой Медицины, Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России, Москва Орлов Ю.Л., д.б.н., профессор РАН. Эл.почта: y.orlov@sechenov.ru В докладе будут рассмотрены вопросы компьютерной реконструкции генных сетей – комплексов взаимодействующих макромолекул – по списку генов, ассоциированных с тем или иным заболеванием, или комплексным расстройством на основе общедоступных онлайн-инструментов биоинформатики – STRING-DB, GeneMANIA, приложений Cytoscape. Представлены примеры компьютерного построения и визуализации генных сетей онкологических заболеваний – глиомы, рака молочной железы, а также сложных метальных расстройств, таких как болезнь Паркинсона, шизофрения, которые были опубликованы в соавторстве со студентами в российских и международных журналах в 2021-2022 годах. Использование только онлайн-инструментов биоинформатики имеет учебный характер, ориентировано на студентов, как математического профиля, так и естественно-научных и медицинских дисциплин, у которых недостаточно навыков в информатике, программировании, написании собственного кода. Автоматическое построение списков генов, ассоциированных с заболеванием с использованием открытых баз данных (OMIM, GeneCards.org), компьютерная реконструкция генных сетей, расчеты статистики обогащенности категорий генных онтологий успешно освоены студентов и представлены в серии дипломных работ. Оценка навыков студентов дана на основе преподавания в НГУ, ДВФУ, РУДН, Первого МГМУ им. И.М.Сеченова Минздрава России. Проект реализуется победителем грантового конкурса для преподавателей магистратуры 2021/2022 Стипендиальной программы Владимира Потанина.
Материалы доклада |
