|
ДокладыИзменения структурной организации цитохрома с1 в процессе образования и распада комплекса между цитохромами с и с1Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический ф-т, кафедра биофизики, Россия, 119991, Москва, Ленинские горы 1, стр. 12 +7(495)9390289 vasyuchenko.katya@gmail.com Цитохром с является подвижным переносчиком электронов в дыхательной цепи митохондрий, который транспортирует электрон от цитохромного bc1 комплекса к цитохром с оксидазе. В настоящее время известна структура комплекса между цитохромным bc1 комплексом и цитохромом с только для организма Saccharomyces cerevisiae. В нашей работе мы использовали отдельные структуры цитохромов с и с1 Bos taurus. Мы получили набор диффузионно-столкновительных комплексов методом броуновской динамики с энергией электростатического взаимодействия не менее -8 kT с помощью программы ProKSim [1], который анализировали с помощью метода кластерного анализа. Затем мы описали процесс образования финальных комплексов из центральных структур полученных кластеров с помощью метода молекулярной динамики в программе GROMACS [2]. Мы использовали две известные структуры цитохрома с1, различающиеся пространственной организацией петлевого участка и α-спирали (V168-G185), но имеющие одинаковую аминокислотную последовательность. Структура этого участка сильно влияет на распределение электростатического потенциала на поверхности цитохрома с1. В процессе моделирования комплексообразования были обнаружены существенные различия в способности образовывать стабильный финальный комплекс, в котором возможна передача электрона между функциональными группами исследуемых белков, обусловленные структурой участка V168-G185. Для изучения влияния этого участка на образование и распад комплекса между данными белками использовался метод метадинамики, с помощью анализа главных компонент были получены координаты реакции образования и расплетения α-спирали в участке V168-G185. Работа выполнена с использованием оборудования Центра коллективного пользования сверхвысокопроизводительными вычислительными ресурсами МГУ имени М.В. Ломоносова. Работа поддержана грантом РФФИ № 18-07-01219.
Литература.
1. Хрущев С. С. и др. Моделирование белок-белковых взаимодействий с применением программного комплекса многочастичной броуновской динамики ProKSim //Компьютерные исследования и моделирование. – 2013. – Т. 5. – №. 1. – С. 47-64.
2. Abraham M. J. et al. GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers //SoftwareX. – 2015. – Т. 1. – С. 19-25.
|
