|
Архив публикацийТезисыXX-ая конференцияСистема хранения профилей электростатического потенциала геномной ДНКИнститут Биофизики Клетки РАН, Россия, 142290, Пущино, Институтская ул. 3, Тел.: (4967)739319, E-mail: evgenia.teml@gmail.com 1 стр. (принято к публикации)Расшифровка полного текста геномов большого количества бактерий и развитие высокопроизводительных экспериментальных методов привело к быстрому росту количества информации о транскрипционных факторах, местах их связывания и взаимном влиянии. В этих условиях для анализа влияния физических свойств ДНК, например электростатического потенциала, на скорость инициации транскрипции необходимо грамотно организовывать все имеющиеся данные, как биологические, так и физические в общую базу данных для более эффективной работы. В данной работе нами представлена база данных, спроектированная для хранения профилей электростатического потенциала вдоль двойной спирали ДНК, и продемонстрировано ее использование для хранения, поиска и анализа промоторных последовательностей E.coli. Отличительным свойством предложенной базы данных является то, что весь профиль хранится как единый объект, который с точки зрения СУБД полностью подобен строке или числу. Такие объекты СУБД может сравнивать друг с другом и осуществлять быструю выборку на основании индексов [1], [2]. В базу данных загружена информация о 1227 известных промоторах E.coli. Для каждого промотора сохранена нуклеотидная последовательность, а также вычислен и загружен в базу профиль электростатического потенциала промоторной ДНК [3]. Кроме того, каждый промотор связан с генами, транскрипцию которых он регулирует, а также с записями о сайтах посадки транскрипционных факторов, влияющих на функционирование промотора. База данных доступна по адресу: http://promodel.icb.psn.ru/eldna. Работа поддержана грантом РФФИ №11-04-01436-а.
|
