|
ДокладыО движении кинков с ненулевой начальной скоростью в плазмиде pPF11Институт биофизики клетки Российской академии наук – обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук», Московская обл., г. Пущино, Россия 142290, Институтская ул. 3, Тел.: (466)7739252, e-mail: kind-@mail.ru 2Сибирский государственный медицинский университет (СибГМУ), Томск, Россия 634050, Московский тракт, 2, Тел.: (3822)901101, 3Томский государственный университет, Томск, Россия, 634050, пр. Ленина 36, Тел.: (3822)529021, е-mail: kla1983@mail.ru В настоящей работе представлены результаты расчетов траекторий движения кинков в плазмиде pPF1. В отличие от других работ этого направления мы рассмотрели случай ненулевой начальной скорости. Для построения траекторий была использована математическая модель Гриневича и соавторов [1], созданная, для имитации движения транскрипционных пузырей, образующихся в результате взаимодействия РНК полимеразы с промоторами ДНК в начальной стадии процесса транскрипции. В рамках этой модели движение транскрипционных пузырей вдоль двойной спирали ДНК рассматривается как движение квазичастиц – кинков, в потенциальном поле ДНК. Модель учитывает не только эффекты диссипации, но и влияние постоянного торсионного момента ДНК. В работе представлен энергетический профиль потенциального поля плазмиды pPF1, последовательность которой включает гены красного и зеленого флуоресцентных белков. При проведении расчетов предполагалось, что начальное положение кинка находится в центре самой узкой и глубокой ямы в энергетическом профиле. Направление движения задавалось в сторону самого высокого барьера. Мы рассчитали пороговое значение торсионного момента, необходимое для преодоления этого барьера
Материалы доклада |
