Доклады : Изучение структуры инозин трифосфат пирофосфогидролизы человека hITPA

Лаборатория радиационной биологии, ОИЯИ, Россия, 141980 Дубна, Жолио Кюри 6

!	Для просмотра формул ваш браузер должен поддерживать MathML. Пожалуйста, используйте IE6/7 с плагином MathPlayer или Firefox с установленными математическими шрифтами.

Фермент инозин трифосфат пирофосфогидролазы человека hITPA поддерживает баланс нуклеотидов. Его нарушение вызывает генетическую нестабильность и модифицирует чувствительность к медикаментам. Известны полиморфные формы этого фермента, наиболее сильное снижение активности фермента наблюдается у полиморфной формы Р32Т-hITPA. Для выявления конформационных изменений инозин фосфатаза, вызванных мутацией Р32Т, анализировали четыре варианта димерного фермента. В качестве основы использовали приведенную в базе PDB структуру 2J4E с разрешением 2,8 Ангрстрем [1]. Недостающие аминокислотные остатки (а.о.) были восстановлены программой MODELLER [2] и выровнены пакетом VMD [3]. Вычисления производились в течении 15 нс пакетом Amber [4].

Проведен структурный анализ данных, полученных в результате молекулярно-динамического моделирования, вычислены значения среднеквадратичных отклонений атомов у гомодимеров дикого (Р32/Р32) и мутантного (Т32/Т32) типов, а также гетеродимеров (Р32/Т32 и Т32/Р32). Особое внимание уделили конформационным изменениям в области локализации мутации. Полученные данные сравнили с результатами анализа, выполненного ранее с использованием усеченного варианта белка [5]. Выявлены области, внесшие основной вклад в изменения общей конформации фермента.

1. Stenmark P., Kursula P., Flodin S., Graslund S., Landry R., Nordlund P., Schuler H., Crystal Structure of Human Inosine Triphosphatase: SUBSTRATE BINDING AND IMPLICATION OF THE INOSINE TRIPHOSPHATASE DEFICIENCY MUTATION P32T// J. Biol. Chem. 282, 2007. Pp 3182-3187.

2. Sali A., Blundell T.L., Comparative protein modelling by satisfaction of the restraints// J.Neurosci. 28, 2008. P 1546-1556.

3. Humphrey W., Dalke A. and Schulten K., VMD --- Visual Molecular Dynamics// J. Molec. Graphics 14, 1996. P 33-38.

4. Case D.A., Cheatham T.E., Darden T., Gohlke H., Luo R., Merz K.M., Onufriev A., Simmerling C., Wang B., Woods R.J., The Amber biomolecular simulation programs// J. of Comp. Chem. 26, 16, 2005. Pp 1668-1688.

5. Dushanov E.B., Kholmurodov Kh.T., Koltovaya N.A. Simulation of mutant P32T homo- and heterodimers of human inosine triphosphate pyrophosphatase hITPA// Biophysics 60, 4, 2015. Pp 529-537.