Русский
!

Presentations

Molecular dynamics trajectories visualization on the Web

Verigin V.A., Likhachev I.V., Balabaev N.K.

Тульский государственный университет. 300012, г.Тула, пр. Ленина, 92 ИМПБ РАН - филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН. 142290, Московская область, г.Пущино, ул. проф. Виткевича, 1, ИМПБ РАН. ilya_lihachev@mail.ru

При проведении крупных серий молекулярно-динамических численных экспериментов в научных лабораториях накапливается большое количество траекторий молекулярной динамики. Возникает потребность в средстве коллективной работы с ними. Цель данной работы – создание интернет-портала, позволяющего визуализировать траектории в сети. Существует множество программ, которые могут предоставить схожий функционал, но большинство из них являются программными продуктами, предназначенными исключительно для использования на персональном компьютере, к ним относятся VMD, PyMOL и TAMD.

Помимо уже упомянутых программных продуктов, также существуют сервисы, позволяющие просматривать статические структуры (PDB-файлов) в сети, но они не обладают функционалом, позволяющим визуализировать трехмерное интерактивное молекулярное кино в сети, если не считать сервисы, которые предоставляют доступ к заранее снятому видео со структурой.

Нами был разработан клиент-серверный программный пакет – Портал анализа траекторий молекулярной динамики – со следующими возможностями:

● Визуализация траекторий молекулярной динамики в виде трехмерного интерактивного молекулярного кино.

● Хранение базы данных вычислительных экспериментов.

● Построение характеристик от времени.

● Хранение базы рассчитанных характеристик.

● Возможность коллективной работы с результатами вычислительных экспериментов.

● Наличие клиент-серверной архитектуры. Как следствие, перенос вычислительной нагрузки на сервер.

● Использование Портала в качестве проигрывателя для демонстрационного материала.

● Интерактивное выделение подструктур (изменение цвета, размера, видимости отдельных групп атомов )

Сервис должен послужить сетевой альтернативой существующим программам анализа траекторий.

Текущая структура Портала позволяет добиться масштабируемости, переноса вычислительной нагрузки на серверное аппаратное обеспечение, коллективной работы над вычислительными экспериментами, а также минимизации сетевого трафика.

© 2004 Designed by Lyceum of Informational Technologies №1533