|
Архив публикацийТезисыXVIII-ая конференцияСравнительный анализ встречаемости нуклеотидных W-треков и S-треков в геномах умеренно GC-богатых микроорганизмовИнститут биофизики клетки РАН, Россия, 142290, г. Пущино, ул. Институтская, 3 1Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН, Россия, 142290, г. Пущино, ул. Институтская, 3 Смешанные нуклеотидные последовательности, содержащие dA и dT (W-треки), dG и dC (S-треки) широко распространены среди прокариот и эукариот. Существующие данные свидетельствуют о вариабельности частот их встречаемости в геномах микроорганизмов из разных таксономических групп. Ранее нами было продемонстрировано, что мононуклеотидные poly(dA)n- и poly(dT)n-треки преобладают над poly(dG)n- и poly(dC)n-треками в геномах прокариот. Данная тенденция наблюдается более чем в 70% случаев, причём не только для AT-богатых микроорганизмов, но даже для бактерий с GC-сставом более 50%. В данной работе проведено исследование распространения W-треков и S-треков в геномах умеренно GC-богатых прокариот, содержащих от 50% до 60% процентов GC-пар. Нуклеотидные последовательности и аннотации полностью секвенированных геномов были взяты из банка данных NCBI GenBank (ftp:// ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/). Учитывали треки длиной от 5 нуклеотидов и выше. Также были изучены особенности распределения W-треков и S-треков внутри генов и межгенных областей. Для разбиения исходной последовательности геномной ДНК на кодирующие и некодирующие участки использовали компьютерную программу DNA Tool. Оказалось, что в межгенных участках количество W-треков часто превышает число S-треков, но при этом внутри генов наблюдается зависимость встречаемости треков от GC-состава. Характер распространения смешанных треков в геномах умеренно GC-богатых микроорганизмов (без учёта генов и некодирующих областей) демонстрирует более сильную зависимость от GC-состава по сравнению с встречаемостью мононуклеотидных poly(dA)n- и poly(dT)n-треков. Обсуждаются возможные причины доминирования W-треков над S-треками в некодирующих участках геномов. |
