Архив публикаций

Тезисы

XXI-ая конференция

Характеристики вращательных колебаний оснований в последовательностях ДНК, применяемых в экспериментах по переносу заряда

Якушевич Л.В., Краснобаева Л.А.

yakushev@icb.psn.ru larisa@phys.tsu.ru

1Институт биофизики клетки РАН, Россия, 142290,

г. Пущино, Институтская ул. 3, Тел.(0967)73-49-63,

2ГБОУ ВПО Сибирский государственный медицинский университет,

Россия, 634050, г. Томск, Московский тракт, 2

3ГБОУ ВПО «Национальный исследовательский Томский государственный университет», Россия, 634050, г. Томск, пр. Ленина 36,

В работе рассматривается один из видов внутренних движений ДНК – вращательные колебания оснований. Эти колебания интересны тем, что вносят основной вклад в образование открытых состояний, которые играют важную роль в процессах белок-нуклеинового узнавания.

Для проведения расчетов были использованы последовательности ДНК длиной 17 и 100 пар оснований

5’-GAGATATAAAGCACGCA-3’ {1}

5’-AGTACTGCAGTAGCGACGTCATAGGACATCAGTCTGCGCCATTCATGACATA

CGTACGCAGTAGGTGAATCGTGGCAGGTCAGTCATGTATACTGCACTA-3’ {2}

Такие последовательности применялись в работе [1] для исследований процесса переноса заряда

В качестве динамической модели ДНК было использовано модифицированное уравнение синус-Гордон, учитывающее эффекты диссипации. В линейном приближении, решения модельного уравнения имеют вид плоских волн.

Найдены аналитические выражения для частот (ωd(q)), периодов (Td(q)), групповой скорости (υгр(q)), длины волны (λ(q)) и энергии (E(q)) затухающих колебаний. Также построены графики для амплитуды затухающих колебаний, угловой скорости, фазовых траекторий и дисперсионных соотношений.

Литература.

1. Slinker J.D., Muren N.B., Renfrew S.E., Barton J.K. DNA charge transport over 34 nm // DOI: 101038/NCHEM. 98.

• открыть в PDF формате (на русском языке) (PDF)