|
PresentationsProton localization in hydrogen bonds between nucleic base pairs1. Physics and Technology Institute, Crimean Federal V.I. Vernadsky University, Republic of Crimea, Simferopol, Russia, 295007, Vernadsky Academic avenue, 4 2. Institute of Cell Biophysics of the Russian Academy of Sciences, Moscow Region, Pushchino, Russia, 142290, Institutskaya str., 3 Практическое достижение разрешений, позволяющих создавать точные атомные модели, связано с большими сложностями. Этот факт отражен в доле опубликованных в PDB структур с разрешением ≤ 1.2Å (менее 3%). Следствием является дискуссионный характер положения протона в водородных связях A-H..B в парах нуклеотидных оснований. Ниже предлагается способ приближённой локализации протона по известным значениям расстояния dAB между атомами A, B. Положение протона на плоскости, образуемой атомами A, H, B, будет определяться как пересечение дуг окружностей с радиусами равными значениям расстояний dAH, dHB. Длины dAH(dAB), dHB(dAB) были определены для каждого типа водородной связи с помошью полиномиальной регрессии (1), (2) из данных биофизических свойств пар нуклеотидных оснований опубликованных в . RMSE указаны в Ангстремах. Для CHN/CHO связей регрессию не удалось построить из-за сильной нелинейной зависимости dAH(dAB). $$\begin{equation} \label{eq:dAH_dAB} d_{AH}(d_{AB}) = \begin{cases} NHN: 0.03448283 \cdot d^2_{AB} - 0.07132499 \cdot d_{AB} + 1.024524; RMSE: 1.12 \\ NHO: 0.01265157 \cdot d^2_{AB} -0.03132298 \cdot d_{AB} + 1.01794; RMSE: 0.97 \\ OHN: -0.04814943 \cdot d_{AB} + 1.00225; RMSE: 0.79 \\ OHO: -0.05232821 \cdot d_{AB} + 0.9954081; RMSE: 0.70 \end{cases} \end{equation}$$ $$\begin{equation} \label{eq:dHB_dAB} d_{HB}(d_{AB}) = \begin{cases} % CHN: 0.130842 \cdot d^2_{AB} + 1.392221 \cdot d_{AB} + 2.676742; RMSE: 0.142144 \\ % CHO: -0.1207833 \cdot d^2_{AB} + 2.24273 \cdot d_{AB} + 2.484548; RMSE: 0.145179 \\ NHN: 1.800311 \cdot d_{AB} + 2.110315; RMSE: 0.07 \\ NHO: 0.7217846 \cdot d_{AB} + 1.977629; RMSE: 0.04 \\ OHN: 0.3236109 \cdot d_{AB} + 1.788; RMSE: 0.04 \\ OHO: 0.2828863 \cdot d_{AB} + 1.691251; RMSE: 0.01 \end{cases} \end{equation}$$ Литература. 1. A.N. Glushenkov, D.N. Hovorun. Complete family of H-bonded heteroassociates m9Gua·m1Cyt: quantum-mechanical study// Bull. of T. Sh. Nat. Univ. of Kyiv: Series Phys. & Math. 4, 2014. Стр 253-258 (in Ukrainian). 2. A.N. Glushenkov, D.N. Hovorun. Complete set of H-bonded homoassociates of 9-methylguanine with participation of mutagenic tautomers: quantum-mechanical study.// Rep. of the Nat. Acad. of Sci. of Ukr. 3, 2016. Стр 98-106 (in Ukrainian).
|
