|
PresentationsOn two models of nonlinear dynamics of the pTTQ18 plasmidSiberian State Medical University, 634050 Tomsk, Moscow traсt 2, Russia Плазмида pTTQ18, синтезированная Старком и его группой в 1987 году [1], широко применяется в генной инженерии для передачи генетической информации и для генетических манипуляций. Обновленная схема плазмиды, включающая большое разнообразие функционально значимых участков, была опубликована недавно на сайте компании NovoPro Bioscience Inc. [2]. На основе этих данных мы построили две приближенные модели нелинейной динамики плазмиды pTTQ18. Первая модель включает в себя ген lacI, ген AmpR и три промежуточные области. Вторая и более точная модель включает в себя ген lacI, ген AmpR, Tac промотор и четыре промежуточные области. Проведен сравнительный анализ этих двух моделей. Представлены результаты расчетов энергетических профилей плазмиды, полученные в рамках первой и второй моделей. Показано, что в случае первой модели наиболее привлекательной областью для активации нелинейных конформационных возмущений – кинков, является промежуточная область между двумя генами (энергия активации равна 1,614×10-18 Дж). В случае второй, более точной модели самый низкий уровень энергии активации, равный 1,594×10-18 Дж, соответствует совсем другому участку, а именно Tac промотору. Полученные результаты, свидетельствуют, о том, что первая модель, несмотря на ее широкое использование в исследованиях нелинейной динамики ДНК, недостаточно корректна и лучше в исследованиях динамики плазмиды pTTQ18 использовать вторую, более точную модель.
Литература 1. Stark M.J.R. Multicopy expression vectors carrying the lac repressor gene for regulated high-level expression of genes in Escherichia coli // Gene vol. 51, N. 2-3, 1987. P. 255–267. 2. https://www.novoprolabs.com/vector/Vgeztcojr
|
