|
PresentationsOn the time dependence of energy and size of pPF1 plasmid kinksSiberian State Medical University, 634050 Tomsk, Moscow tra с t 2 , Russia 11Institute of Cell Biophysics, Russian Academy of Sciences, 142290 Pushchino. Institutskaya str. 3, 2Moscow region, Russia Локально расплетенные участки двойной спирали ДНК, называемые открытыми состояниями, играют важную роль в процессах транскрипции, репликации, денатурации, а также в передаче структурных изменений и информации вдоль молекулы ДНК. В последнее время открытые состояния часто моделируются как квазичастицы (кинки), движущиеся в потенциальном поле молекулы ДНК. В данной работе исследуется вопрос о влиянии торсионного момента и эффектов диссипации на энергию и размер кинков. Все расчеты выполнялись для кинков, возникающих и распространяющихся в кольцевой ДНК - плазмиде pPF1. Последовательность этой плазмиды состоит из 5557 пар оснований (по) и включает гены флуоресцентных белков Egfp и mCherry, разделенные небольшой промежуточной областью. В работе представлены результаты расчетов энергетических профилей основной и комплементарной нитей плазмиды, получены временные зависимости энергии и размера кинков, распространяющихся вдоль этих нитей, рассчитаны пороговые значения торсионного момента: Мпорог,1=4,95×10-22 Дж и Мпорог,2=4,20×10-22 Дж, соответственно. Полученные результаты показывают, что характер изменения энергии и размера кинков со временем существенно зависит от величины торсионного момента. В частности, при значениях торсионного момента меньше пороговых значений кривые, отражающие временные изменения энергии и размера кинков, имеют вид затухающих колебаний. А в случае, когда значения торсионного момента больше пороговых значений, кривые энергии плавно увеличиваются, а кривые размера плавно уменьшаются.
|
