Conference publications

Abstracts

XXII conference

Образовательный курс по программированию на языке Python для решения биологических задач

Озеров И.В., Орехов Ф.С., Нестеренко А.М., Зленко Д.В., Тёрлова Л.Д., Хрущев С.С.

МГУ им. М.В.Ломоносова, биологический факультет, 119234, Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 12, E-mail: varnivey@mail.ru

Решение задач классической и структурной биоинформатики является неотъемлемой составляющей успешного выполнения научно-образовательных проектов в области биологии. Кроме того, использование современных экспериментальных методов, требует создания дополнительных программных утилит. Тем не менее, студенты, аспиранты и научные сотрудники далеко не всегда владеют навыками программирования на должном уровне и не знают об уже существующих программных продуктах. В результате, зачастую используются неудобные, трудоёмкие и малоэффективные программные решения.

В настоящее время в среде биологов широкое распространение получил язык программирования Python. Он сочетает в себе простой и понятный синтаксис с одной стороны и мощь объектно-ориентированного подхода с множеством модулей-дополнений на все случаи жизни с другой. В частности, существует специальный модуль biopython, созданный специально для решения широкого спектра биологических задач, в т.ч. работы с последовательностями и трёхмерными структурами биологических молекул.

Обучение основам программирования на языке Python и получение навыков использования основных модулей, необходимых для решения задач, часто возникающих в работе биологов разных специальностей, являются основной целью настоящего курса. В частности, в рамках курса будут освещены такие темы, как обработка больших массивов данных, статистический анализ данных, создание линейных моделей с помощью модуля numpy; интегрирование и подбор свободных параметров систем дифференциальных уравнений с помощью модуля scipy; обработка изображений, полученных с помощью флуоресцентного микроскопа, с использованием модуля scikit-image; работа с удалёнными базами данных последовательностей макромолекул и научной литературы с помощью модуля Biopython. Кроме того, особое место в курсе отведено навыкам, необходимым для успешной и эффективной презентации получаемых данных: созданию статических и анимированных диаграмм с помощью модуля matplotlib.

Для участия в занятиях необходимо иметь ноутбук с установленной операционной системой Windows, Linux или Mac OS X. В ходе курса будет использован Python версии 2.7. Для установки интерпретатора языка Python 2.7 и всех необходимых модулей на платформе Windows мы рекомендуем использовать установочный пакет Python (x,y); на платформе Mac OS X – установочный пакет spyder; для установки на платформе Linux – инсталляторы pip или easy_install. Подробная инструкция по установке необходимых пакетов приведена на сайте https://vk.com/topic-77628285_30671920.

• view as PDF (in Russian) (PDF)