Conference publications

Abstracts

XXXI conference

Molecular Modeling

Contents : Authors

• Иванцова О.В., Рябов Н.В. Возможности квантовых симуляторов с классической архитектурой для молекулярного моделирования (2024) 1 pp. (accepted)
• Кристовский Н.В., Армеев Г.А. Методы моделирования эффективности Ферстеровского резонансного переноса энергии (2024) 1 pp. (accepted)
• Шубина А.И., Холина Е.Г., Федоров В.А., Коваленко И.Б. Исследование влияния веществ, регулирующих динамику микротрубочек, на конформационную подвижность протофиламентов тубулина (2024) 1 pp. (accepted)
• Аксенова С.В., Батова А.С., Бугай А.Н., Душанов Э.Б. Модельные исследования функционирования глутаматных рецепторов гиппокампа при оксидативном стрессе (2024) 1 pp. (accepted)
• Абатурова А.М., Ризниченко Г.Ю. Направленность движения молекул цитохрома с вблизи III дыхательного комплекса при транспорте электронов в модели броуновской динамики (2024) 1 pp. (accepted)
• Холина Е.Г., Коваленко И.Б., Страховская М.Г. Взаимодействие мембранных биоцидов с модельной везикулой наружной мембраны грамотрицательных бактерий (2024) 1 pp. (accepted)
• Сергеенкова А.А., Кочетов А.Н., Носикова Л.А., Кудряшова З.А. Прогнозирование липофильности и предварительная оценка токсичности при разработке новых антикоагулянтов крови (2024) 1 pp. (accepted)
• Васильев В.А., Моторин Н.А., Афонин Д.А., Петерс Г.С., Моисеенко А.В., Армеев Г.А., Шайтан А.К. Исследование зависимости откручивания ДНК от нуклеосом в зависимости от последовательности и длины ДНК методом малоуглового рассеяния рентгеновского излучения (2024) 1 pp. (accepted)
• Васюченко Е.П., Коваленко И.Б., Холина Е.Г., Федоров В.А., Хрущев С.С., Страховская М.Г. Моделирование Броуновской динамики взаимодействия фотосенсибилизаторов с оболочкой коронавируса SARS-CoV-2 (2024) 1 pp. (accepted)
• Рябов Д.М., Армеев Г.А. Определение распределения позиций сайтов связывания пионерных транскрипционных факторов относительно положений нуклеосом по данным MNase-Seq (2024) 1 pp. (accepted)
• Армеев Г.А. Вариативность нуклеосом: исследование известных структур (2024) (accepted)
• Мулашкина Т.И., Кулакова А.М., Хренова М.Г. Механизмы разрыва Р-О связи органофосфатов в активных центрах ферментов (2024) 1 pp. (accepted)
• Олейников П.Д., Федулова Ф.С., Армеев Г.А., Моторин Н.А., Сингх-Пальчевская Л.Р., Сивкина А.Л., Фескин П.Г., Глухов Г.С., Афонин Д.А., Комарова Г.А., Кирпичников М.П., Студитский В.М., Феофанов А.В., Шайтан А.К. Комплексное изучение взаимодействия пептидов с высокой аффинностью к «кислотному лоскуту» димера гистонов H2A-H2B и нуклеосом экспериментальными и вычислительными методами (2024) 1 pp. (accepted)
• Филин П.Д., Жулидин П.А., Пластун И.Л. Анализ межмолекулярного взаимодействия бактериохлорофилла с полярными растворителями (2024) 1 pp. (accepted)
• Федоров В.А., Холина Е.Г., Гудимчук Н.Б., Коваленко И.Б. Молекулярная динамика протофиламентов тубулина и влияние таксола на их изгибную деформацию (2024) 1 pp. (accepted)
• Мамчур А.А., Ярошевич И.А. Предсказание сайтов для наиболее эффективного направленного мутагенеза оранжевого каротиноидного белка (2024) 1 pp. (accepted)
• Ельцов И.А., Ульянов Е.В., Виноградов Д.С., Гудимчук Н.Б. Применение метода броуновской динамики для описания чувствительности динамики тубулиновых микротрубочек к температуре (2024) 1 pp. (accepted)
• Вольхин И.А., Федоров В.А., Хрущев С.С., Коваленко И.Б. Моделирование взаимодействия фотосистемы I с пластоцианином и цитохромом c6 методом броуновской динамики (2024) 1 pp. (accepted)
• Жулидин П.А., Филин П.Д., Пластун И.Л., Яковлев Р.Ю. Влияние межмолекулярного комплексообразования на физико-химические свойства модифицированного глицина (2024) 1 pp. (accepted)
• Avakiants A.V., Fedulova A.S., Yagolovich A.V., Shaytan A.K. Molecular dynamics simulation of engineered protein SRH-DR5-B-iRGD (2024) 1 pp. (accepted)
• Bozdaganyan M., Orekhov P., Yang A. The omg approach: a user-friendly molecular simulation tool for membrane dynamics (2024) 1 pp. (accepted)
• Chesalin D.D., Kurkov V.A., Shkirina U.A., Pishchalnikov R.Y. Optimization of the modeling of the pigment-protein complex optical response (2024) 1 pp. (accepted)
• Fedulova A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Molecular dynamics simulations of nucleosomes upon binding by LANA and CENP-C peptides (2024) 1 pp. (accepted)
• Gribkova A.K., Shaytan A.K. Identification of viral proteins that mimic human histones using artificial intelligence methods (2024) 1 pp. (accepted)
• Ivontsin L.A., Mashkovtseva E.V., Nartsissov Y.R. Mutation analysis of F_oF₁-ATP synthase proton half-channels (2024) 1 pp. (accepted)
• Kosarim N.A., Fedulova A.S., Shariafetdinova A.S., Armeev G.A., Shaytan A.K. Molecular dynamics simulations of the nucleosome containing histone variant H2A.J (2024) 1 pp. (accepted)
• Kulakova A.M., Zakharova T.M., Khrenova M.G. Determining the significance of chromophore geometrical parameters for predicting absorption spectra by machine learning methods (2024) 1 pp. (accepted)
• Mamaeva N.Y., Kristovskiy N.V., Shaytan A.K. Analysis and design of DNA/RNA-protein interactions on the example of CRISPR/dCas systems (2024) 1 pp. (accepted)
• Motorin N.A., Sharyafetdinova A.S., Fedulova A.S., Shaytan‬ A.K. Study of the dynamics of histone tails in the nucleosome and their participation in the unwrapping of nucleosomal DNA using simulations with different water models (2024) 1 pp. (accepted)
• Surkov M.M., Yaroshevich I.A. Electrostatic properties of halogen-substituted tyrosine (2024) 1 pp. (accepted)
• Vasilenko E.O., Kozin S.A., Mitkevich V.A., Buchelnikov A.S., Nechipurenko Y.D. A Thermodynamic Model for the Formation of Protein Aggregates on a Matrix (2024) 2 pp. (accepted)
• Yakushevich L.V., Krasnobaeva L.A. On the movement of kinks with a non-zero initial velocity in the pPF1 plasmid (2024) 1 pp. (accepted)

Search