English
!

Архив публикаций

Тезисы

XVIII-ая конференция

Математические аспекты построения QSAR моделей

Цыганкова И.Г.

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН 142290 г. Пущино Московской обл. E-mail: tsygan@iteb.ru

1  стр. (принято к публикации)

Корреляционные соотношения структура – активность (Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR) являются весьма полезным инструментом для получения количественных оценок биологической активности разных видов. Если имеются экспериментальные данные для ряда соединений, то при помощи таких соотношений можно рассчитать активность неизученного соединения, полагая, что соединения с похожей молекулярной структурой ведут себя одинаково в одинаковых условиях. В корреляционных подходах для выявления степени похожести молекулярных структур используются количественные характеристики – молекулярные дескрипторы. Такими дескрипторами могут быть разнообразные физико-химические величины, значения которых можно получить экспериментально или рассчитать, а также математические конструкции – топологические индексы и многие другие величины. (см. например Todeschini R., Consonni V. Molecular Descriptors for Chemoinformatics; Wiley-VCH. 2009.) Фрагментные дескрипторы, значения которых равны числу атомов или групп атомов определенного типа, являются простыми и наглядными молекулярными дескрипторами. Для корреляционного соотношения выбирается простая математическая форма в виде суммы вкладов, и параметры соотношения определяются методами линейной регрессии. Для получения корреляционной модели необходимо провести отбор переменных, поскольку типов фрагментов и соответствующих параметров может быть много, а число экспериментальных точек, как правило, ограничено. В докладе будут обсуждаться следующие вопросы: 1) Алгоритмы отбора переменных, эффективно исследующие все пространство молекулярных дескрипторов; 2) Критерии отбора и их влияние на точность получаемых оценок активности; 3) Возможности прогноза и направление поиска более активных соединений на основе корреляционных моделей.

Будет продемонстрировано применение корреляционного соотношения структура – свойство на основе фрагментных дескрипторов молекулярной структуры для расчета апоптоз-индуцирующей активности 3,5 – диарил – 1,2,4 – оксадиазолов. Будет показано как простые QSAR модели могут быть полезными в поиске индукторов апоптоза - потенциальных противоопухолевых препаратов.



© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533