|
Архив публикацийТезисыXXVI-ая конференцияМолекулярное моделирование цитохромного bc1 комплекса с цитохромом сМосковский государственный университет им. М.В. Ломоносова, биологический ф-т, кафедра биофизики, Россия, 119991, Москва, Ленинские горы 1, стр. 12, +7(495)9390289, xbgth@yandex.ru 1Федеральный исследовательский центр Институт прикладной математики им. М.В. Келдыша Российской академии наук, Россия, 125047, Москва, Миусская пл., д.4, +7(499)9781314 Цитохром с является подвижным переносчиком электронов в дыхательной цепи митохондрий, который транспортирует электрон от цитохромного bc1 комплекса к цитохром с оксидазе. Цитохром с представляет собой растворимый белок, расположенный в межмембранном пространстве митохондрий, имеет в качестве функциональной группы гем типа с, соединенный с белковой частью с помощью двух тиоэфирных связей через остатки цистеина. В настоящее время известна структура комплекса между цитохромным bc1 комплексом и цитохромом с только для организма Saccharomyces cerevisiae. Мы построили модель взаимодействия этих белков, выделенных из млекопитающих организмов Equus caballus и Bos taurus с помощью комбинированного метода броуновской и молекулярной динамики и кластерного анализа. Нами была рассчитана броуновская динамика взаимодействия цитохрома с с цитохромным bc1 комплексом с помощью программы ProKSim с использованием структур белков, полученных из Saccharomyces cerevisiae, в результате чего было получено 20000 энергетически выгодных взаимных расположений с энергией электростатического взаимодействия более 8kT. С помощью метода кластерного анализа были выявлены наиболее типичные конформации диффузионно-столкновительного комплекса. С использованием метода полноатомной молекулярной динамики был выявлен механизм перехода полученных диффузионно-столкновительных комплексов к стабильному финальному комплексу, в котором расстояние между кофакторами белков пригодно для передачи электрона. Финальные комплексы мы сравнивали с исходным взаимным расположением белков в экспериментально полученном комплексе (PDB ID: 3CX5, X-RAY). Работа выполнена с использованием оборудования Центра коллективного пользования сверхвысокопроизводительными вычислительными ресурсами МГУ имени М.В. Ломоносова. Работа поддержана грантами РФФИ № 18-07-01219. |