|
Архив публикацийТезисыXXVI-ая конференцияМоделирование белок-липидного комплекса ротора АТФ-синтазыМосковский физико-технический институт, Россия, 141701, г. Долгопрудный, Институтский пер., 9., E-mail: ivan.gushchin@phystech.edu 1 стр. (принято к публикации)АТФ-синтаза представляет собой крупный мультибелковый ферментативный комплекс, синтезирующий АТФ за счет электрохимического потенциала на биологической мембране [1]. АТФ-синтазы были обнаружены во всех царствах живых организмов, в частности, в клеточных мембранах бактерий, в митохондриях и хлоропластах эукариот. В состав комплекса обычно входят две субъединицы, одна из которых находится в растворе, а вторая – в липидном бислое. Мембранная часть, также называемая FO, включает образуемое 8-15 с-субъединицами роторное с-кольцо, вращающееся в липидном окружении во время процесса синтеза молекул АТФ [2]. Несмотря на давний интерес к АТФ-синтазе, только недавно были получены атомные структуры высокого разрешения отдельных с-колец и всего комплекса. При этом, положения липидных молекул внутри с-колец обычно плохо различимы. В данной работе нами был рассмотрен процесс сборки внутри липидной мембраны с-колец АТФ-синтазы из шпината. Система моделировалась методом молекулярной динамики при помощи крупнозернистого силового поля Martini, при этом процесс сборки занимал 200-2000 нс. В результате сборки получался остающийся стабильным на протяжении последующего моделирования белок-липидный комплекс, включающий непосредственно 14 с-субъединиц и около 23-25 липидных молекул. Полученные положения липидов хорошо соотносятся с экспериментальными данными. |
