|
Архив публикацийТезисыXXIV-ая конференцияСоздание крупно-зернистой модели наружной мембраны клеточной стенки P.aeruginosaБиологический факультет, Московский Государственный Университет имени М.В. Ломоносова, Россия, 119991, Москва, Ленинские горы 1, корп.12, телефон: +7 (495) 939-02-89; E-mail: tenarra@mail.ru 1Федеральный научно-клинический центр специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий ФМБА России, 115682, Москва, Ореховый бульвар, 28 2Московский физико-технический институт, 141701, г. Долгопрудный, Институтский пер., 9 Pseudomonas aeruginosa является патогенным видом грам-отрицательных бактерий, легко поражающим пациентов с ослабленной иммунной системой и пациентов, имеющих гнойные раны и абсцессы. P. aeruginosa продуцирует большое число вирулентных факторов, среди которых наибольший интерес представляют молекулы липополисахаридов (ЛПС) клеточной стенки, вызывающие различные биологические эффекты, включая устойчивость к антибиотикам и устойчивость к фагоцитозу. В частности, в нашей лаборатории были проведены эксперименты, показывающие резистентность P. aeruginosa к действию антимикробного фотосенсибилизатора поликатионного металлофталоцианина цинка, эффективно инактивирующего штаммы других видов грам-отрцательных бактерий. ЛПС P. aeruginosa состоит из трех структурных компонентов: липид А, коровая часть и О-антиген. Большинство штаммов P. aeruginosa в составе ЛПС несут две различные формы О-антигенов, одна из которых является гомополимером, состоящим из остатков D-рамнозы, а вторая представляет собой гетерополимер из трех-пяти остатков сахаров в повторяющемся юните. В качестве объектов для построения крупно-зернистой (КЗ) модели мы выбрали ЛПС с О-антигеном из D-рамнозы и ЛПС с О-антигеном серотипа О5. Известно, что биологическая активность молекул ЛПС коррелирует с длиной и зарядом О-антигенной цепи. Поэтому нами были выбраны ЛПС с разной длиной О-антигенов: 12 и 22 повторяющихся юнитов в случаев с О-антигеном серотипа О5 и 70 остатков сахаров в случае с О-антигеном, представляющим собой гомополимер из D-рамнозы. Нами были созданы КЗ-модели указанных молекул ЛПС с использованием силового поля Мартини. В данной модели мы заменили шестичленные гексозы тремя зернами. Для оптимизации КГ параметров О-антигена мы провели полноатомную МД симуляцию в силовом поле CHARMM36. КЗ топология для липида А и коровой части ЛПС была взята из работы [1]. На основе созданных КЗ моделей ЛПС планируется построить модели наружной мембраны клеточной стенки P. aeruginosa. Литература Ma, H., Irudayanathan, F. J., Jiang, W., & Nangia, S. Simulating Gram-Negative Bacterial Outer Membrane : A Coarse Grain Model Simulating Gram-Negative Bacterial Outer Membrane : A Coarse Grain Model.- The Journal of Physical Chemistry, 2015. |
