English
!

Архив публикаций

Тезисы

XXII-ая конференция

Поиск сдвигов фазы периодичностей различной длины в геномах C.elegans, D.melanogaster и S. cerevisiae

Пугачева В.М., Френкель Ф.Е., Коротков Е.В.

РФ, Москва, проспект 60-летия Октября д.7 к.1, 117312

1  стр. (принято к публикации)

Предложен новый математический метод для поиска коротких очень сильно дивергировавших тандемных повторов с одной вставкой или делецией. Для этого в методе используется сравнение двух частотных матриц до сдвига и после сдвига, мера сравнения основана на подобии матриц. Точность предсказываемых результатов составляет более 95%, при уровне ошибок первого рода менее 5%. Разработанный подход был применен для изучения геномов C.elegans, D.melanogaster и S.cerevisiae для тандемных повторов длиной от 2 до 11 нуклеотидов, кроме кратных трем. Число районов со сдвигом фазы составляет приблизительно 2,2x104, 1,5x104 и 1,7x102 для геномов соответственно, средняя длина района со скрытой периодичностью со сдвигом фазы составляет около 220 нуклеотидов. Районы со скрытой периодичностью с одной вставкой или делецией занимают довольно значительную часть геномов - 5%, 3% и 0,3% соответственно. Только менее 10% из этих последовательностей было обнаружено ранее, т.е. число участков с периодичностью в этих геномах значительно больше, чем это удавалось заметить ранее всеми известными методами.



© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533