English
!

Архив публикаций

Тезисы

XXI-ая конференция

Построение модели молекулы липополисахарида

Галочкина Т.В., Нестеренко А.М.1, Коваленко И.Б., Зленко Д.В.1

Федеральный научно-клинический центр ФМБА России, 115682, Москва, Ореховый бул. 28, +7(499)193-28-03

1Московский Государственный Университет имени М.В. Ломоносова, Россия, 119991, Москва, Ленинские горы 1, корп.12, +7 (495) 939-02-89, tat.galochkina@gmail.com

1  стр. (принято к публикации)

Наружный монослой внешней мембраны грамотрицательных бактерий в основном состоит из липополисахаридов (ЛПС). ЛПС являются очень иммунногенными молекулами, попадание в кровь которых является одной из основных причин септического шока. В последнее время получили широкое распространение методы очистки плазмы крови от ЛПС при помощи аффинной хроматографии. Для разработки новых сорбентов необходимо понимания деталей их взаимодействия с ЛПС, что требует построения модели молекулы ЛПС.

В основе модели ЛПС лежит силовое поле OPLS-AA [1]. В следствие высокой вариабельности структур молекул сахаров, в силовом поле OPLS-AA описаны не все встречающиеся в молекуле ЛПС сочетания атомов. Для отсутствующих фрагментов методами квантовой химии (КХ, [2]) были рассчитаны недостающие параметры. Для этого проблемные фрагменты были выделены из структуры ЛПС в виде небольших молекул. Парциальные заряды атомов были скорректированы согласно процедуре RESP [3]. Модифицированы были только заряды атомов, находящихся на стыке фрагментов, для которых в силовом поле есть полно описание. Потенциалы двугранных углов были перерассчитаны для фрагментов, содержащих сильно заряженные атомы, так как большие заряды очень сильно влияют на итоговый потенциал вращения торсионного угла. В частности, расчеты параметров были проведены для углов O-P-O-P, O-P-O-C и O-C-C-O для молекул диметилпирофосфата, диметилфосфоацеталя и альфадиметоксипропионата соответственно.

Литература:

1. W.L. Jorgensen, D.S. Maxwell, J. Tirado-Rives Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.

2. Alex A. Granovsky, Firefly version 8.0.0, www.http://classic.chem.msu.su/gran/firefly/index.html

3. C.I. Bayly, P. Cieplak, W.D. Cornell, P.A. Kollman A Well-Behaved Electrostatic Potential Based Method Using Charge Restraints For Determining Atom-Centered Charges: The RESP Model. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.



© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533