English
!

Архив публикаций

Тезисы

XXI-ая конференция

Использование первичных структур нуклеиновых кислот в ступенчатых представлениях

Кругленко В.И.

423630 Татарстан, г. Елабуга, пр.Мира, д. 14, кв. 42.

1  стр. (принято к публикации)

Полагается, что новым в работе является тот факт, что в качестве координатных последовательностей в ступенчатых представлениях Ф(х,а) использовались первичные структуры нуклеиновых кислот. Для моделирования были выбраны Burkholderia cenocepacia BC7 ctg100013203207 , Burkholderia cenocepacia BC7 ctg410002A и Holospora obtusa F1 contig00017, длины которых соответственно 14619, 23631 и 25580. В качестве пространства представления была выбрана плоская октаэдрная граф-решетка со степенью вершин 8. В граф была введена асимметричная координатная двухмерная система 4*2. Благодаря этому можно было строить и ступенчатые представления(2) и ступенчатые соответствия(1). На первых трех рисунках показан вид ступенчатых представлений Ф(x,1/3) для выбранных геномных последовательностей.

На четвертом – соответствие. Правила формирования такие же как и в [1]. В качестве фиксированной последовательности бралась Burkholderia cenocepacia длины 14619. При периодическом ее продолжении объемы по вершинам соответствия с некоторого номера воспроизведения не увеличивались, как и было замечено в [1].

В качестве характеристик представлений использовались объемы по вершинам, плотности распределения, прямоугольник образа, смещения центра. Определялись номера нуклеотидов и их мутации, при которых достигались максимальные и минимальные объемы образов. Например, в случае Holospora obtusa, при объеме 4499 без мутаций, замена в нуклеотиде № 8636 тимина на аденин дает max объем 4529, а в нуклеотиде № 5076 цитозина на тимин дает min объем 4460. Моделировались изменения характеристик представлений при варьировании параметра a.

Литература.

1. Кругленко В.И. Модели кусочных аппроксимаций множеств влияния ступенчатыми представлениями. Тезисы XX Международной конференции Математика. Компьютер. Образование. МГУ, Пущино. 2013.

2. Кругленко В.И. Ступенчатые представления. Труды международной научно-практической конференции «Информационные технологии в образовании и науке – ИТОН 2012» К(П)ФУ, Казань 2012. с.112-113.



© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533