English
!

Архив публикаций

Тезисы

XIX-ая конференция

Массовое параллельное секвенирование РНК плазмы крови здоровых доноров и пациентов с немелкоклеточным раком легкого

Барякин Д.Н., Семенов Д.В., Бреннер Е.В., Курильщиков А.М., Козлов В.В.1, Наров Ю.Э.1, Васильев Г.В.2, Чикова Е.Д., Филиппова Ю.А., Брызгалов Л.А.2, Кулигина Е.В., Рихтер В.А.

Учреждение Российской академии наук Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН, Россия, 630090, г. Новосибирск, пр. ак. Лаврентьева, 8; Тел.: (383)-363-51-50; факс: (383)-363-51-53; E-mail: niboch@niboch.nsc.ru

1ГБУЗ НСО «Новосибирский областной онкологический диспансер»; Россия, 630108, г. Новосибирск, ул. Плахотного, 2; Тел.: (383)-343-39-06; E-mail: onkolog1@mail.ru

2Учреждение Российской академии наук Институт Цитологии и Генетики Сибирского Отделения РАН; Россия, 630090, г. Новосибирск, пр. ак. Лаврентьева, 10; Тел.: (383) 363-49-80; факс: (383) 333-12-78; E-mail: icg-adm@bionet.nsc.ru

1  стр. (принято к публикации)

Известно, что в плазме крови человека присутствует обширный набор форм малых регуляторных РНК. В данной работе проведен анализ многообразия форм РНК плазмы крови 8-ми здоровых доноров и 4-х пациентов с немелкоклеточным раком легкого методом массового параллельного секвенирования на платформе SOLiD™.

Для получения кДНК-библиотек, кодирующих максимально полный набор форм циркулирующих РНК, короткие (n>19) РНК плазмы крови подвергали дефосфорилированию с последующим 5'-фосфорилированием, лигированию с адаптерами, обратной транскрипции и амплификации. Индивидуальные кДНК-библиотеки секвенировали на платформе SOLiD™ (V.3). Полученные массивы данных, содержащие от 31 до 85 млн. последовательностей на каждую кДНК-библиотеку, анализировали с помощью программного обеспечения ABI BioScope™, и, независимо, программами Bowtie/Cufflinks.

Было обнаружено, что в составе РНК плазмы крови человека присутствуют фрагменты рРНК, тРНК, мРНК, транскриптов митохондрий, зрелые миРНК, мцРНК, мяРНК, мяоРНК, а также фрагменты не аннотированных ранее транскриптов.

Детальный анализ массивов последовательностей позволил оценить вклад апоптотических телец, экзосом и микровезикул, свободных рибонуклеопротеидов, а также вклад различных клеток, органов и тканей в формирование набора циркулирующих РНК крови человека. Сравнительный анализ РНК плазмы здоровых доноров и пациентов с немелкоклеточным раком легкого позволил охарактеризовать изменения набора внеклеточных РНК человека при возникновении и развитии злокачественных опухолей.

Работа поддержана Российским фондом фундаментальных исследований (гранты № 10-04-01386-а и 10-04-01442-а), грантом Президиума СО РАН № 18 (2009 - 2011 гг.).



© 2004 Дизайн Лицея Информационных технологий №1533