Архив публикаций

Тезисы

XVIII-ая конференция

Поиск молекулярных мишеней коротких пептидов семейства глицилпролинов с помощью метода трехмерных фармакофоров

Логинов П.А., Данюкова Т.Н.¹, Шрам С.И.¹, Ефремов Р.Г.

Учреждение Российской академии наук Институт биоорганической химии им. академиков М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН, Москва

¹Учреждение Российской академии наук Институт молекулярной генетики РАН, Москва

1  стр. (принято к публикации)

Известно, что короткие пептиды обладают широким спектром биологической активности. Однако молекулярные механизмы этого действия не всегда изучены. В настоящей работе исследуются короткие (2-4 а/к) пептиды семейства глицилпролинов, проявляющие некоторые полезные свойства, среди которых антитромбическое, нейропротективное действие и другие [1]. На первом этапе выяснения молекулярных аспектов этих механизмов необходимо идентифицировать молекулы — потенциальные мишени глицилпролинов в клетке. В настоящей работе тестируемый набор мишеней ограничили белками с расшифрованной трехмерной структурой. Исследование проводили с помощью виртуального скрининга баз данных лигандов белков, находящихся в Банке данных белковых структур (PDB), с использованием метода трехмерных фармакофоров, созданных на основе специфических структурно-динамических свойств пептидов данного семейства. Указанные свойства рассчитывали с помощью метода молекулярной динамики ряда пептидов в водных растворах. Итоговый фармакофор представляет из себя 4 функциональных эпитопа (донор и акцептор водородной связи, гидрофобный фрагмент и отрицательный заряд), определенным образом расположенные в пространстве.

По итогам скрининга были выделены основные группы белков — потенциальных мишеней глицилпролинов: это пенициллин-связывающие белки, лейцил- и аланил-пептидазы, наличие которых в итоговой подборке подтверждает применимость использованных методов, и другие белки, среди которых особенно интересными представляются TNF-альфа-превращающий белок, ангиотензин-превращающий белок и тромбин. В настоящее время проводится дальнейшая экспериментальная и теоретическая проверка гипотезы о связывании глицилпролинов с этими белками.

• открыть в PDF формате