|
Архив публикацийТезисыXVI-ая конференцияСравнительный анализ электростатических и функциональных свойств промоторов Т7 ДНК, контролируемых Т7 РНК-полимеразой.Институт биофизики клетки РАН, Россия, 142290, Пущино, Московской обл., Институтская ул., д.3, +7 (4967) 739319, dzhelyadin@gmail.com 1The University of Edinburgh, UK, EH9 3JR, Edinburgh, Kings Buildings, lptolik@gmail.com Используя оригинальный метод расчета распределения электростатического потенциала вокруг длинных нуклеотидных последовательностей ДНК, определена электростатическая карта полного генома Т7 бактериофага. На электростатической карте Т7 генома локализованы профили 17 поздних промоторов, взаимодействующие с фаговой Т7 РНК-полимеразой. Анализ промоторов в зависимости от характера и времени экспрессии генов, которые они контролируют, позволяет сгруппировать их в два класса – класс средних промоторов и класс поздних промоторов. Проведен сравнительный анализ электростатических свойств промоторов, относящихся к разным подклассам и внутри классов. Полученные результаты свидетельствуют о существенных различиях электростатических характеристик промоторов разных классов, что может указывать на разный характер узнавания Т7 РНК-полимеразой этих промоторов и быть одной из причин различий в их временном и функциональном поведении во время инфекции E. coli Т7 бактериофагом. В то же время промоторы, относящиеся к одному и тому же классу, характеризуются сходными, хотя и неидентичными профилями распределения электростатического потенциала. Это подтверждает роль электростатических свойств промоторной ДНК в определении характера функционального поведения промотора и указывает на возможный вклад электростатической компоненты в формирование промоторной активности поздних промоторов Т7 бактериофага. |
