Мастер-класс

26 января, четверг, 11.30-13.30

Язык программирования Python для решения задач структурной биоинформатики

Аудитория 322 (учебный корпус)

Ведущий – Филипп Орехов

Известно, что функциональные перестройки в белках и белковых комплексах часто ассоциированы с глобальными скоррелированными движениями их отдельных доменов (см., например, Bakan & Bahar, PNAS, 2009). Существует ряд вычислительных методик, позволяющих рассчитать такие глобальные моды внутрибелковой подвижности: анализ главных компонент и анализ нормальных мод. На практическом занятии будет дано необходимое теоретическое введение и показаны возможности программного пакета ProDy для расчета, анализа и визуализации основных компонент и нормальных мод белковых молекул.

Для работы потребуется, помимо стандартной установки python (+ пакеты numpy и matplotlib, см. аннотацию к вводному мастер-классу по python для инструкций по установке), пакет prody (для установки достаточно выполнить команду pip install prody в окне терминала).

Также для целей визуализации белков и их движений полезно установить программу VMD. Программа свободно доступна после бесплатной регистрации по адресу: http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD