Мастер-классы
Все мастер-классы проводятся в аудитории 322 учебного корпуса. Для выполнения задач мастер-класса Вам потребуется ноутбук, на котором должно быть установлено программное обеспечение, указанное в аннотации к мастер-классу. Если у Вас возникли сложности с установкой рекомендуемого программного обеспечения, пожалуйста, заранее обратитесь в оргкомитет, и мы поможем Вам связаться с ведущими мастер-класса и решить возникшую проблему. Не откладывайте установку программного обеспечения на последний момент. Обратите внимание, что доступ в сеть Интернет в аудиториях, где проводится Конференция, может быть ограничен, поэтому рекомендуем загрузить необходимое программное обеспечение заранее.
23 января, понедельник, 14.00-18.00
Введение в язык программирования Python для решения биологических задач и визуализации научных данных
Ведущие – Иван Озеров, Филипп Орехов
Мастер-класс по практическому освоению языка программирования Python. Базовые знания по Питону желательны для участия в мастер-классах, проводимых в рамках Конференции. Для участия в мастер-классе нужен ноутбук с установленным питоном.[подробнее...]
24 января, вторник, 10.00-13.00
Практическое освоение процесса подготовки белковых структур к печати на 3D-принтере
Ведущий – Илья Лихачев
3D печать приобретает всё большую распространённость. В первую очередь, это связано с доступностью процесса изготовления образцов. В представленной работе показан процесс получения инструкции на G-коде для печати молекулы белка на 3D принтере. Файл с описанием трёхмерной структуры молекулы белка берется из Protein Data Bank. Используя информацию о расположении атомов в молекуле, разработанный программный комплекс «Protein4Print» создает файл-программу на языке python для распространённого комплекса 3d-моделирования с открытым кодом Blender. Далее показана работа с программой подготовки трехмерной структуры к окончательной печати на 3d-принтере, используя программу RepetierHost.[подробнее...]
25 января, среда, 11.30-13.00
Линейный анализ возникновения неустойчивости Тьюринга в системе уравнений реакция-диффузия при помощи Python/scipy
Ведущий – Алексей Нестеренко
В рамках данной задачи предполагается продемонстрировать стандартные математические возможности python, как то решение алгебраических уравнений и построение сложно устроенных функций на примере анализа возникновения неустойчивости Тьюринга в системе уравнений реакция-диффузия. В ходе задачи мы будем использовать следующие возможности numpy/scipy: численное решение алгебраических уравнений, построение 2D/3D графиков и контурных карт, численное дифференцирование.[подробнее...]
25 января, среда, 15.00-17.00
Программная реализация методов молекулярного моделирования на графических процессорах
Ведущий – Артём Жмуров
Молекулярное моделирование - один из инструментов исследования биологических молекул, который позволяет изучать их поведение на атомарном уровне. В молекулярном моделировании молекула представляется в виде набора взаимодействующих центров (чаще всего атомов). Далее вводится функция силового поля, которая описывает взаимодействия между этими центрами. При этом, биологические молекулы состоят из тысяч атомов, а для наблюдения динамики такой системы, необходимо вычислять силу, действующую на каждый центр и численно интегрировать его уравнения движения. Такая задача обладает большой вычислительной сложностью, из-за чего ее обычно решают с использованием высокопроизводительных вычислительных систем, все чаще оснащенных графическими процессорами.[подробнее...]
26 января, четверг, 11.30-13.30
Язык программирования Python для решения задач структурной биоинформатики
Ведущий – Филипп Орехов
Известно,
что функциональные перестройки в белках и белковых
комплексах часто ассоциированы с глобальными скоррелированными
движениями их отдельных доменов. Существует ряд вычислительных методик, позволяющих рассчитать
такие глобальные моды внутрибелковой подвижности: анализ главных
компонент и анализ нормальных мод. На практическом занятии будет дано
необходимое теоретическое введение и показаны возможности программного
пакета ProDy для расчета, анализа и визуализации основных компонент и
нормальных мод белковых молекул.[подробнее...]
27 января, пятница, 9.30-11.30
Молекулярное моделирование белок-белковых взаимодействий. Основанный на частоте встречаемости структур иерархический кластерный анализ
Ведущие – Владимир Федоров, Сергей Хрущев
При анализе траекторий движения молекул в молекулярной динамике широко используются различные методы кластерного анализа. Различными авторами предложено большое количество методов классификации структур молекул, каждый из которых имеет свои преимущества и свои недостатки. В рамках мастер-класса Вам предлагается освоить использование основанного на частоте встречаемости схожих структур метода иерархического кластерного анализа на примере анализа промежуточных метастабильных состояний, возникающих в процессе образования двумя белками функционально активного комплекса.[подробнее...]
|
