E1: Питон для решения биологических задач: базовые сведения о языке Python

Конда - удобный менеджер пакетов для питона. Он позволяет создавать окружения для разных версий питона/наборов пакетов, тем самым помогая избежать возможные несовместимости/конфликты.

Что важно для нас, Конда устанавливается буквально в один клик на всех трех популярных платформах (Win, Mac, Linux) и поддерживает большинство научных пакетов, а так же включает в себя pip (для установки всего остального).

Конда существует в двух версиях:

полная (Анаконда) со 100 предустановленными пакетами. Занимает 3 Gb, скачивается отсюда - http://continuum.io/downloads;
минимальная (Миниконда). В этой версии необходимо установить нужные пакеты самому, скачивается она отсюда - http://conda.pydata.org/miniconda.html

Инструкция по установке:

1. Linux/Macos X. Загрузить подходящую версию миниконды. В окне терминала перейти в папку с загруженным файлом и запустить его: bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh и следовать вопросам установщика. Можно выбирать установки по умолчанию, т.к. в дальнейшем в любой момент их можно будет изменить.

После окончания установки нужно закрыть окно терминала и открыть его заново, чтобы изменения вступили в силу.

Для тестирования установки нужно выполнить в терминале команду conda list. Если установка прошла успешно, то появится список установленных пакетов.

Для установки всего стандартного набора пакетов (порядка 100), достаточно выполнить в терминале простую команду conda install. (!) Такая установка требует около 3 Гб дискового пространства.

Для поиска дополнительных пакетов (вне зависимости от установки стандартного набора) необходимо выполнить команду conda search имя_пакета, а затем, если нужный пакет найден - conda install <имя_пакета>.

Если нужного пакета не нашлось, то можно повторить поиск по более широкой базе пакетов, используя команду pip search <имя_пакета> / pip install <имя_пакета> (например, для установки пакета ProDy достаточно просто ввести в терминале команду pip install prody).

2. Windows. Пользователи Windows могут загрузить подходящую версию миниконды со страницы http://conda.pydata.org/miniconda.html и запустить загруженный exe файл двойным кликом по нему. Затем необходимо следовать рекомендациям установщика, можно выбирать настройки по умолчанию. По окончанию установки, должно открыться новое окно терминала, если это по какой-то причине не произошло, то терминал выбрать меню Пуск - Выполнить, ввести команду cmd и нажать клавишу Enter.

Дальнейшие шаги по поиску и установки дополнительных пакетов аналогичны описанным выше в разделе для Linux/Macos X.