|
Conference publicationsAbstractsXVIII conferenceThe role of electrostatics in protein-DNA interactions beyond promoters - cAMP-CRP binding sites in E.coliLaboratory of Cell Genome Functioning, Institute of Cell Biophysics of RAS, 142290, Pushchino MR, Russia 1 pp. (accepted)Известно, что физические свойства ДНК важны для первичного узнавания промоторных областей молекулами РНК-полимеразы и регуляции промоторной активности. С целью проверки гипотезы о роли электростатических свойств ДНК в узнавании мест посадки регуляторных белков нами был проведен анализ электростатических свойств геномной ДНК E. coli K12 MG1655 в районах локализации сайтов посадки cAMP-CRP комплекса. Используя DEPPDB – базу данных свойств электростатического потенциала ДНК – мы исследовали указанные свойства геномной ДНК E. coli K12 MG1655. Полученные графики электростатического потенциала молекулы ДНК демонстрируют отчетливое повышение его значения вокруг сайтов посадки димера CRP с характерным W-образным профилем в центре, совпадающим с консенсусной областью. Обширное общее повышение потенциала не объясняется только наличием консенсусной последовательности сайта посадки CRP-димера и отражает особенность окружающих нуклеотидных последовательностей, способствующих формированию повышенного потенциала на большой протяженности молекулы ДНК. По-видимому, этот повышенный потенциал способствует узнаванию сайта молекулой регуляторного белка и ее удержанию. Следует отметить, что область повышенного потенциала относительно обогащена АТ парами. Такое обогащение промоторных областей АТ обычно связывают с обеспечением легкоплавкости этих участков. В данном случае хорошо видно, что это обогащение играет другую роль, а именно - формирование электростатической ямы, поскольку находится в удалении от района первичного плавления промоторной ДНК. Таким образом, выявляется роль электростатических свойств ДНК в узнавании мест связывания регуляторными белками, что подтверждает универсальное значение этих свойств для специфического ДНК-белкового взаимодействия. |
