|
Conference publicationsAbstractsXXVI conferenceModelling of the sea urchin complement system without pathogenLomonosov Moscow State University, faculty of physics, GSP-1, Leninskie Gory, Moscow, 119991, Russian Federation. Tabachnik A.K. 8-925-055-29-84, E-mail: atabachnick@mail.ru Panteleev M.A. E-mail: mapanteleev@yandex.ru 1 pp. (accepted)Система комплемента является одним из основных защитных механизмов врожденного иммунитета. Один из ее древних, редуцированных относительно человека вариантов присутствует у морского ежа Strongylocentrotus purpuratus. Из путей запуска у данного вида присутствует только альтернативный путь, а единственным результатом запуска системы является опсонизация. Система комплемента S. purpuratus не изучена полностью. Часть белков идентифицирована биохимически, для других существование показано только на уровне генома. Ее главными участниками считаются факторы C3, B, H, D и I. В основу модели положена известная информация об этих компонентах у морского ежа, дополненная данными о взаимодействии этих компонентов в системе комплемента человека. Задачей данной работы было построить математическую модель системы комплемента S. purpuratus в состоянии покоя и исследовать ее регуляцию. На основании этих данных была построена биохимическая сеть реакций, в соответствии с которой была написана система из 16 дифференциальных уравнений. Полная система численно интегрировалась методом LSODA, реализованным в программе Copasi 4.16. Затем была получена упрощенная модель, описывающая работу этой системы. Результат запуска упрощенной модели был численно идентичен исходной модели (отличия в пределах 0,1%). В состоянии покоя система приходила к стационарному состоянию вида устойчивый узел. Показано, что устойчивость этого состояния на стадии гидролиза обусловлена структурой биохимической сети реакций и не зависит от их скоростей, а на стадии протеолиза она определяется соотношением констант скоростей реакций.
|
