Русский
!

Conference publications

Abstracts

XXIII conference

Молекулярное моделирование цветных зрительных родопсинов

Дворецкая Л.Н.

Россия, 194021, Санкт-Петербург, ул. Хлопина, д.8, корпус 3

1 pp. (accepted)

Моделирование родопсинов, отвечающих за цветовое восприятие, на основе структур темновых сигнальных зрительных родопсинов, позволит получить их приближённую молекулярную модель и понять разницу в энергии химических связей, которая тратится при поглощении фотонов разной длины волны [1]. На данный момент пространственных структур цветных родопсинов не существует.


Актуальность работы обусловлена тем что при получении пространственных структур цветных родопсинов, возможно получить синтез, позволяющий восстановить не функционирующие родопсины в сетчатке. Таким образом, на выходном канале колбочки, будет генерироваться сигнал, в котором содержится информация о цвете, направленная на биполярные клетки. Это необходимо при заболеваниях связанных с дистрофией колбочек, такие как CORD, ахроматопсия.


Первый этап разработки это сравнение и верификация существующих методов получения аналогичных моделей, имеющих кристаллическую структуру родопсина и их мутантов, на разных моделях цветных гомологов родопсина. Наиболее успешные методы выбирались из описания и публикации рейтингов сообщества по прогнозированию различных структур и оценке текущих методов моделирования CASP [2][3][4]. Далее была выбрана последовательность для цветного родопсина и 5 темновых сигнальных зрительных родопсинов приближённых последовательностей. В программе I-TASSER получен результат модели, составленной с помощью сборки структурных фрагментов из частей темплатов, используя молекулярную динамику копийного обмена метода Монте Карло. Таким образом, получив наиболее точный метод и применяя его к выбранным последовательностям, в дальнейшем, планируется получить модель цветного родопсина.



© 2004 Designed by Lyceum of Informational Technologies №1533