|
Conference publicationsAbstractsXXIII conferenceRecognition of DNA Grooves by ProteinsФГБУН Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Россия, 119991, Москва, ул. Вавилова, 32, nastya@eimb.ru 1ФГБУН Институт проблем управления РАН, Россия, 117997, Москва, ул. Профсоюзная, 65.
Методом Вороного Делоне рассчитаны контакты между атомами белка и ДНК для выборки из 3269 белок-ДНК комплексов, раздельно для большой и малой бороздок ДНК. Построены распределения площадей контактов и длин контактов, на уровне остатков и на атомном уровне. Показана уникальность бороздок ДНК в аспекте картины контактов, скрытая при рассмотрении суммарной статистики для обеих бороздок. Раздельно для обеих бороздок проведена кластеризация аминокислот по признакам взаимодействия с нуклеотидами ДНК. Выделены важнейшие для белок-нуклеинового узнавания взаимодействия, т.е. специфические взаимодействия отделены от стохастических. Показано существование особой зоны на трехмерной гистограмме контактов между атомами белка и ДНК (по признакам площади контакта и расстоянию между взаимодействующими атомами одновременно). Проанализированы взаимодействия, попадающие в эту зону, и позиционированы относительно бороздок ДНК. Полученные результаты существенны для предсказания вероятности связывания конкретного белка с ДНК и конкретных белок-нуклеиновых интерфейсов, и, в частности, прогноза того, с какой бороздкой будет образован комплекс. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ, проект 15-04-99605а.
|
