Conference publications

Abstracts

XXI conference

Предпосылки к применению секвентного анализа для исследования ДНК последовательностей

Свирин В.И.

Россия, 119334, Москва, ул. Бардина, 4

Для исследования дискретных сигналов используется как дискретный Фурье анализ, так и секвентный анализ (см. [1]). В докладе продемонстрировано преимущество использования секвентного анализа, для исследования ДНК последовательностей, перед дискретным Фурье анализом.

Нуклеотиды в ДНК последовательностях состоят из сахарофосфатного остатка и азотистых оснований G,A,T,C, которые представляют собой специфические полиатомные конструкции с особыми биохимическими свойствами. Набор этих четырех 4-х конструкций является носителем содержательной симметрической системы пар «признак – антипризнак». [2]

Признак G A T C

Пиримидиновость -1 -1 1 1

Аминомутируемость -1 1 -1 1

Комплементарность на основе трех водородных связей 1 -1 -1 1

Сахарофосфатный остаток (для нуклеотидов) 1 1 1 1

Значение 1 в таблице показывает, что основание наделено соответствующим признаком, а значение -1 показывает, что основание не наделено соответствующим признаком. Оказывается, что в первых 3-х строках таблицы расположены дискретные функции Уолша с четырьмя отсчетами, ортогональные друг другу. Чтобы получить полную систему дискретных функций Уолша с четырьмя отсчетами необходимо дополнить имеющиеся в таблице функции еще одной, ортогональной им, со значение секвенты равной нулю. Легко заметить, что и в строках, и в столбцах таблицы расположены функции Уолша. Таким образом, каждому нуклеотиду соответствует одна из 4-х функций Уолша, входящих в полную систему дискретных 4-х отсчетных функций Уолша. Также в докладе показано, что полинуклеотидам соответствуют n-мерные функции Уолша, где n – число нуклеотидов в полинуклеотиде.

Литература

1. Хармут Х. Теория секвентного анализа основы и применение. – М.: Издательство «Мир», 1980.

2. Петухов С.В. Матричная генетика, алгебры генетического кода, помехоустойчивость. – М.-Ижевск НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2008. 316 стр.

• view as PDF (in Russian) (PDF)