|
Conference publicationsAbstractsXX conferenceStudy of the interaction of small molecule ligands and their complexes with lysozyme by molecular dynamics methodsN. N. Semenov Institute of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow, 119991, Kosygina ul. 4 1 pp. (accepted)В работе изучается взаимодействие низкомолекулярных лигандов (мочевины, триметиламин N-оксида (ТМАО) и 5-метилрезорцина) и их комплексов на белок лизоцим методами классической молекулярной динамики. Взаимодействие белков-ферментов с химическими соединениями резорцинового ряда и другими низкомолекулярными лигандами является актуальным, т.к. эти молекулы могут оказывать существенное влияние на функциональную активность белков, их динамические и структурные характеристики [1, 2]. Исследования проводились методами молекулярной динамики в программном комплексе GROMACS [3] на траекториях до 1000 нс. Исследовались системы с периодическими граничными условиями, содержащие один из лигандов в различной концентрации. Необходимые константы для дополнения силового поля OPLS-AA параметрами для мочевины, ТМАО, 5-метилрезорцина и кластеров этих соединений получены путём квантово-химических расчётов в программе FIREFLY [4]. Были найдены структурные характеристики кластеров 5-метилрезорцина и его ассоциатов с водой. Было показано, что молекулы 5-метилрезорцина преимущественно адсорбируются на поверхности лизоцима. Найдена зависимость радиуса гирации белка от концентрации лигандов. Построены функции радиального распределения, показывающие пространственное распределение лигандов относительно белка и динамические изменения внутри лизоцима под действием лигандов. Авторы благодарны Российскому фонду фундаментальных исследований (проект № 12-04-31915) и Минобрнауки РФ за финансовую поддержку исследований.
Литература 1. Крупянский, Ю. Ф.; Абдулнасыров, Э. Г.; Лойко, Н. Г.; Степанов, А. С.; Терешкина, К. Б.; Эль-Регистан, Г. И. Возможные механизмы влияния гексилрезорцина на структурно-динамические и функциональные свойства белка лизоцима // Химическая физика Т. 31, № 3, год 2012. Стр. 60-75 2. Qin Zou ,Brian J. Bennion ,Valerie Daggett ,and Kenneth P. Murphy The Molecular Mechanism of Stabilization of Proteins by TMAO and Its Ability to Counteract the Effects of Urea // J. Am. Chem. Soc., 124 (7), 2002, pp 1192–1202 3. van der Spoel D., Lindahl E., Hess B., Groenhof G., Mark A.E. and Berendsen H.J.C. GROMACS: Fast, Flexible and Free // J. Comp. Chem., 26, 2005. Стр. 1701-1719 4. Granovsky A.A. Firefly version 7.1.G: [Электронный документ]. (http://classic.chem.msu.su/gran/firefly/index.html). Проверено 15.11.2012
|
