|
Conference publicationsAbstractsXVIII conferenceA search for the molecular targets of short glycilproline-like peptides with the help of the 3D pharmacophore methodShemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry of the Russian Academy of Sciences 1Institute of Molecular Genetics of the Russian Academy of Sciences Известно, что короткие пептиды обладают широким спектром биологической активности. Однако молекулярные механизмы этого действия не всегда изучены. В настоящей работе исследуются короткие (2-4 а/к) пептиды семейства глицилпролинов, проявляющие некоторые полезные свойства, среди которых антитромбическое, нейропротективное действие и другие [1]. На первом этапе выяснения молекулярных аспектов этих механизмов необходимо идентифицировать молекулы — потенциальные мишени глицилпролинов в клетке. В настоящей работе тестируемый набор мишеней ограничили белками с расшифрованной трехмерной структурой. Исследование проводили с помощью виртуального скрининга баз данных лигандов белков, находящихся в Банке данных белковых структур (PDB), с использованием метода трехмерных фармакофоров, созданных на основе специфических структурно-динамических свойств пептидов данного семейства. Указанные свойства рассчитывали с помощью метода молекулярной динамики ряда пептидов в водных растворах. Итоговый фармакофор представляет из себя 4 функциональных эпитопа (донор и акцептор водородной связи, гидрофобный фрагмент и отрицательный заряд), определенным образом расположенные в пространстве. По итогам скрининга были выделены основные группы белков — потенциальных мишеней глицилпролинов: это пенициллин-связывающие белки, лейцил- и аланил-пептидазы, наличие которых в итоговой подборке подтверждает применимость использованных методов, и другие белки, среди которых особенно интересными представляются TNF-альфа-превращающий белок, ангиотензин-превращающий белок и тромбин. В настоящее время проводится дальнейшая экспериментальная и теоретическая проверка гипотезы о связывании глицилпролинов с этими белками. |
